Bonifacio ist die älteste Stadt Korsikas, gegründet vom toskanischen Markgrafen Bonifacio im Jahr 833.
Jedoch nahm die Stadt erst unter genuesischer Herrschaft ab 1195 ihre heutige Form an.
Die Republik Genua befestigte die Stadt und siedelte eine Kolonie von Ligurern an,
deren Nachkommen noch heute einen einzigartigen bonifazischen Dialekt sprechen, der dem mittelalterlichen Genuesisch nahesteht.
Die Zitadelle widerstand zahlreichen Belagerungen, darunter die berühmteste von Alfons V. von Aragon im Jahr 1420.
Nach 5 Monaten Belagerung sollen die Aragonier der Legende nach die berühmte "Treppe des Königs von Aragon"
in die Klippe gehauen haben, um die Stadt einzunehmen (obwohl die Treppe wahrscheinlich eher lokalen Ursprungs ist).
Napoleon Bonaparte weilte 1793 in Bonifacio, in einem Haus, das noch heute seinen Namen trägt.
Die Stadt blieb im Herzen italienisch, noch lange nach der Angliederung Korsikas an Frankreich im Jahr 1768.