Bonifacio est la plus ancienne ville de Corse, fondée par le marquis toscan Bonifacio en 833.
Cependant, c'est sous la domination génoise, à partir de 1195, que la cité a pris sa forme actuelle.
La République de Gênes a fortifié la ville et y a installé une colonie de Ligures,
dont les descendants parlent encore aujourd'hui un dialecte bonifacien unique, proche du génois médiéval.
La citadelle a résisté à de nombreux sièges, dont le plus célèbre est celui d'Alphonse V d'Aragon en 1420.
Après 5 mois de siège, la légende raconte que les Aragonais auraient creusé le fameux "Escalier du Roy d'Aragon"
dans la falaise pour tenter de prendre la ville (bien que l'escalier soit plus probablement d'origine locale).
Napoléon Bonaparte a séjourné à Bonifacio en 1793, dans une maison qui porte encore son nom.
La ville est restée italienne de cœur bien après le rattachement de la Corse à la France en 1768.